Но чем больше и сложнее приложение, тем организованнее приходится быть программисту при работе над ним.

Представляю вам собственный алгоритм работы над проектом:

1.Подготовка. Сначала необходимо взять лист бумаги и просто (обычным текстом, на любом языке мира) описать проект, над которым будет вестись работа. На самом деле, это очень важно — ведь держать в голове весь проект довольно сложно.
После составления такой "заметки" можно приступать к разработке алгоритма работы приложения.

2.Приступаем к работе. Если проектируемое приложение исполдьзует базу данных (большинство проектов не обходятся без использования базы данных), то следующия шаг — максимально точно разработать структуру базы данных (таблицы, поля, связи итп).
После этого разбиваем проект на "блоки", каждый из которых будет иметь собственную функциональность в рамках всего проекта.

3.Разработка. Сначала необходимо максимально точно, аккуратно разработать и "проработать" алгоритмы и блоки, обеспечивающие основную функциональность приложения. Они должны быть идеально отлажены, чтобы не пришлось впоследствие все переписывать.
После этого пишется "скелет" — "грубая" (но работающая) версия приложения.

4.Доводка. Последнее — доводка. Приложение должно быть удобным в использовании и (конечно) работать без ошибок.

Вот и все. Надеюсь, что мои советы помогут вам эффективно разрабатывать интернет-приложения любой сложности. Удачи!